Makón született r. k. szülők gyermekeként. Makón és Temesváron tanult. Vácon novícius volt. Teológiát Nyitrán végzett. A budapesti egyetemen 1894-ben nyert tanári és doktori diplomát.
Mint kegyesrendi tanár Budapesten, Vácon és Nagykanizsán tanított. 1901-ben csatlakozott az unitárius egyházhoz és a kolozsvári kollégiumban tanított. Háromszor tett hosszabb utazást Olaszországban, de megfordult az Egyesült államokban is.
Kiss Ernő az I. világháború alatt katonai szolgálatot teljesített s mint főhadnagy harcolt Bukovinában.
Mint tanár a tanítás mellett foglalkozott az irodalommal is. Ismertek szakmai jellegű tanulmányai, életrajzai és tankönyvei. Kiss részt vett több lap szerkesztésében. Tagja volt az Erdélyi Irodalmi Társaságnak, melynek több éven át titkára is volt.
Kiss Ernő kiváló képességekkel és alapos ismerettel volt megáldva. Állandóan tanult és fejlett módszerrel tanított. Jártas volt az olasz irodalomban. Konzervatív nézeteket vallott. Gyorsan dolgozott, de nem mindig élt kellő kritikával.
Életét Alagon fejezte be.
Fölhasznált irodalom:
Vári Albert: "dr. Kiss Ernő." Ker. Magvető. LXIII. 6. évf.
- : "A mi katonáink." Unitár. Közlöny. 1915. 1917.
- : "Tanáraink irodalmi munkássága." Unitár. Közlöny 1910. 5. sz.
Gál Kelemen: "A kolozsvári unitárius kollégium története." 1935.
Kenyeres Ágnes: "Magyar életrajzi lexikon." 1969.